Əhməd bəy Ağaoğlu 1869-cu ildə Azərbaycanın Şuşa şəhərində dünyaya gəlib. Atası Mirzə Həsən bəy Qarabağın Qurdlar elindən idi. Bu tayfa XVIII əsrdə bütünlüklə etnik Azərbaycan türklərinin yaşadığı Ərzurumdan köç edib Gəncəyə gəlmiş, daha sonra isə Qarabağa yerləşmişlər. Atası Mirzə Həsən bəy varlı pambıqçı fermer idi. Ata tərəfinə Mirzə titulunun verilməsi ailənin ziyalı təbəqəsindən olduğunu göstərir. Babası Mirzə İbrahim Şuşanın ən məşhur alimlərindən olub. O, xəttat idi və türk dilində şeirlər yazırdı. Eyni zamanda əmiləri də türk dilindən başqa fars, ərəb və rus dillərini bilirdilər. Anası Tazə xanım Şuşanın Sarıcaalı elindən Rəfi bəyin qızı, Zeynalabdin bəy Rəfibəyovun bacısı idi.
Azərbaycan və Türkiyə ictimai xadimi, siyasətçisi, jurnalisti, pedaqoqu, yazıçısı və türkoloqu olmuşdur.
Fransada təhsil aldıqdan sonra geri qayıdıb 1896-cı ildə Şuşada ilk kitabxana, qiraətxana açıb. 1897-ci ildə H.Z.Tağıyevin dəvəti ilə Bakıya gəlib, "Kaspi” qəzetində məqalələr yazıb. O, həmçinin Ə.Hüseynzadə ilə birlikdə “Həyat” qəzetinə də redaktorluq edib.
1905-ci ildə çar hökumətinə və daşnak ermənilərə qarşı mübarizə aparmaq üçün gizlin Difai təşkilatını qurub. Bir müddət sonra çar hökuməti tərəfindən təqib olunan Əhməd bəy aylarla dostlarının evində gizlin yaşadıqdan sonra həbs olunmamaq üçün 1908-ci ilin sonlarında İstanbula köçməli olur. Türk Ocağı milli hərəkatının aparıcı siması olan Ağaoğlu bu hərəkat tərəfindən keçirilmiş konqresə prezident seçilir. Sonradan gənc türklərin İttihad və tərəqqi partiyasına daxil olur. Süleymaniyyədə kitabxana direktoru, "Türk yurdu" jurnalının redaktoru olmaqla yanaşı İstanbul Universitetində Türk-monqol tarixindən və rus dilindən dərs deyir.
1918-ci ildə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin köməyinə gəlmiş Qafqaz İslam Ordusu komandanının siyasi müşaviri olmuşdur. AXC dövründə Bakıda parlamentə üzv seçilir. Cümhuriyyətin Paris Sülh Konfrasında iştirak etmək üçün göndərdiyi nümayəndə heyətinin tərkibində Ağaoğlu da var idi. Lakin İstanbula çatanda İttihad və tərəqqi partiyasının digər rəhbərlərilə birgə ingilislər tərəfindən həbs olunaraq Malta adasına sürgün olunur.
Sürgündən qayıtdıqdan sonra Ankaradakı Mətbuat İnformasiya İdarəsinə rəhbərlik etmiş, "Hakimiyyəti-milliyyə" qəzetinin baş redaktoru olmuş, ikinci və üçüncü çağırış Türkiyə Böyük Millət Məclisinə deputat seçildikdən sonra Mustafa Kamal Atatürkün xarici məsələlər üzrə siyasi məsləhətçisi olmuşdur.
Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 7 may 2019-cu il tarixli, 211 nömrəli Qərarı ilə Əhməd bəy Ağayev Azərbaycan Respublikasında əsərləri dövlət varidatı elan edilən müəlliflərin siyahısına daxil edilmişdir.
