1971-ci ildə Bakıda anadan olub lakin əslən Xankəndi yaxınlığındakı Malıbəyli qəsəbəsindəndir. Bakı Dövlət Universitetinin mexanika-riyaziyyat fakültəsinin məzunudur (1988-1993).
SSRİ illərində tələbə hərəkatının fəal üzvlərindən olub. Tələbəlik illərində müxtəlif nəşrlərlə əməkdaşlıq edib. Universiteti bitirdikdən sonra Dövlət Quruculuq və Beynəlxalq Münasibətlər İnstitutunda analitik qrupun rəhbəri kimi fəaliyyətə başlayıb. İnstitutda araşdırmalar və sorğuların keçirilməsi ilə məşğul olub.
Elxan Şahinoğlu 1994-2005-ci illərdə Azərbaycanın müxtəlif media orqanlarında, o cümlədən “Millət”, Azadlıq”, “Gün səhər” qəzetlərində beynəlxalq əlaqələr və xarici siyasət şöbələrinin müdiri vəzifələrində, Türkiyənin TRT televiziyasının və “Anadolu” agentliyinin Bakıdakı bürolarında çalışıb. Bu illərdə yüzlərlə analitik məqalənin və müsahibələrin müəllifi olub. Bu yazılarına görə müxtəlif mükafatlara layiq görülüb. Müxtəlif illərdə ABŞ, Belçika, Türkiyə, Rusiya, Ukrayna, Yunanıstan, İran, Gürcüstan, Fransa, Almaniya və digər ölkələrdə konfrans və seminarlarda iştirak edib, Cənubi Qafqazdakı vəziyyət və Dağlıq Qarabağ münaqişəsinə dair məruzələrlə çıxış edib.
